Τον κανονισμό λειτουργίας πενταμελούς επιτροπής παρακολούθησης του προγράμματος διαχείρισης αδέσποτων ζώων συντροφιάς ενέκρινε το Δημοτικό Συμβούλιο Αλοννήσου. Η Επιτροπή παρακολουθεί την πορεία του προγράμματος παροχής κτηνιατρικών υπηρεσιών στείρωσης και περίθαλψης, μεριμνά ώστε το πρόγραμμα να διαρκεί καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους και να υλοποιείται με ικανοποιητικό τρόπο. Επίσης διατυπώνει προτάσεις για τη βελτίωσή του. Παράλληλα δύναται να ελέγχει ώστε για κάθε αδέσποτο να διατηρείται καρτέλα στο γραφείο Αστικής Πανίδας, στην οποία θα καταγράφεται το πλήρες ιστορικό και η εν γένει πορεία του, καθώς και όλες οι ιατρικές πράξεις που έγιναν (στείρωση, εξετάσεις, θεραπείες, ευθανασία). Η Επιτροπή μεριμνά για την παροχή υπηρεσιών περισυλλογής και φιλοξενίας ζώων προς στείρωση είτε σε συνεργασία με εθελοντές είτε με ιδιώτες. Για τις υπηρεσίες αυτές συνεργάζεται κατά προτεραιότητα με φιλοζωικά σωματεία στο πλαίσιο της συνεργασίας τους μέσα από υπογραφή σχετικού συμφωνητικού συνεργασίας. Η Επιτροπή λαμβάνει γνώση για την άμεση επαναφορά στο φυσικό περιβάλλον των αδέσποτων ζώων συντροφιάς που περισυλλέχθηκαν για στείρωση είτε για την επανένταξη ζώων που φιλοξενήθηκαν προσωρινά.